Например, Бобцов

ВЫВОД ГЕННЫХ РЕГУЛЯТОРНЫХ СЕТЕЙ ПО ДАННЫМ ЭКСПРЕССИИ ГЕНОВ ПРИ ПОМОЩИ БАЙЕСОВСКИХ СЕТЕЙ

Аннотация:

Предмет исследования.Рассмотрена задача вывода генных регуляторных сетей в форме байесовских сетей из данных экспрессии геновкак задача оценки частной вероятности вхождения каждого ребра в истинную байесовскую сеть при известных уровнях экспрессии генов. Для решения задачи предложен метод, использующий подход Монте-Карло на основе марковских цепей. Метод. Предлагаемый метод состоит в сэмплировании пар из байесовской сети и дискретизационной политики, позволяющей применять сеть к данным экспрессии генов согласно апостериорному распределению. Для сэмплирования используется подход Монте-Карло на основе марковских цепей с реализацией с помощью алгоритма Метрополиса–Гастингса. На основе полученной выборкивыполняется оценка искомых вероятностей. Результаты. Предложенный метод протестирован на симулированных данных из соревнования DREAM4 Challenges. Сравнение с лидерами показало, что качество разработанного метода на некоторых тестах превосходит лидера из существующих методов – метод regularized gradient boosting machines (RGBM) – и сравнимо на остальных тестах. В то же время метод является довольно гибким и позволяет адаптировать его к другим видам экспериментальных данных. Практическая значимость. Метод может быть использован в вычислительной биологии для изучения механизмов регуляции генов в различных процессах, в том числе в развитии опухолей или работе иммунной системы.

Ключевые слова:

Постоянный URL

Статьи в номере

Содержание © 1993–2024 Университет ИТМО
Разработка © 2015 Университет ИТМО